اسلام سیاسی معاصر (با قید آنچه در قالب امارت اسلامی طالبان، حکومت اسلامی داعش و نظایر آن تعریف می‌شوند) با چند چالش با زمانه، با حکمرانی خوب و نیز با مردم روبروست. این فاصله گفتمانی بین نهاد امارت اسلامی و مدنیت و اقتضائات مربوط که بیش از فاصله شرق و غرب است عبارت‌اند از:
حوزه اندیشه و باورها
1. گرفتار آمدن به خاص‌گرایی فرهنگی و بنیادگرایی حاصل از آن
2. خلیفه محوری: با دو کارکرد:
الف – فصل الخطابی خلیفه یا حکمران
ب – جابجایی ارزش‌های بنیادین مانند تقدم خلافت و امامت بر عدالت و حقوق انسان
3. به رسمیت نشناختن حقوق مساوی برای شهروندان (زن و مرد، رعیت و امیرالمومنین، مؤمن و غیر مؤمن، مسلمان و غیر مسلمان و … )
4. آشتی‌ناپذیری با نحله‌های دیگر، روشنفکری و حتی اسلام سنتی و سایر قرائت‌های دینی
5. ناسازگاری با مدنیت جدید (یا همان جاهلیت مدرن)، که نتیجه آن همان مخالفت با تمدن، تکنولوژی، مناسبات قانونی و حقوقی نوین و حتی علوم و فنون.
6. اعتقاد بسیاری از متدینین به اسلام سیاسی به آشتی ناپذیری با کفر و شرک و وجوب جنگ بی‌پایان با آنان (تا دفع و دفن فتنه)
حوزه سیاست و اقتصاد
7. انتخاب حکمرانی خدا و رسول به جای حکمرانی اکثریت منحرف یا حکمرانی الگوهای جاهلی (با اعتقاد به تداوم سیاسی پیامبری)
8. امت‌گرایی به جای مناسبان نوین ملت – دولت
9. سیطره‌نگره ایدئولوژیک به همه عرصه‌های زیستی فردی و جمعی مردمان در همه حوزه‌های سیاسی، اقتصادی، اجتماعی و فرهنگی.
10. بروز افراطی‌گرایی خشن و غیر اخلاقی، به سبب تعبیه خواسته یا ناخواسته تهدید همیشگی داخلی و خارجی
11. متعهد نبودن به توسعه ملی و ناسازگاری با اقتضائات توسعه‌ای برای کشور
12. گسترش فقر و نابرابری در بین مردم
حوزه فرهنگ و جامعه
13. گذشته‌گرایی افراطی، با تکیه بر باورهای قدیم برای زیست در دنیای جدید
14. تقدس‌گرایی برای تأمین و تدارک نفوذ فرهنگی
15. عدم التزام برای پایبندی به عقلانیت و اصلاح امور بر مبنای منافع ملی
16. اتخاذ موضع هدایتگری مردمان (با اتکاء به انواع غربالگری فرهنگی و امر به معروف و نهی از منکر)
17. گرفتار آمدن در تنازعات فکری و عملی بی‌پایان سرد و گرم مذهبی و دینی
18. مخالفت با گردش آزاد و غیر هدایتگرانه اطلاعات
19. عدم مدارا و رواداری و عدم تحمل مخالف (و باغی یا مرتد دانشتن آنان)
مردم
20. عدم باور به ضرورت مقبولیت مردمی برای حکمرانی و به نهادهای انتخابی و تعیین‌کنندگی اکثریت (رأی مردم
21. انقیادطلبی از مردم به عنوان امر الهی و وجوب شرعی
22. باور به جواز رفتارسازی دینی در جامعه
23. پاسخگو نبودن به مردم در برابر کارکردهای حکمرانان
24. وحشت عمومی مردم از حکمرانی اسلام سیاسی (ناهمراهی متدینین و مسلمانان و هراس سایرین از ایشان)
25. مردم خسته و منفعل در برابر سرکوب، با پدیده درماندگی آموخته شده (Learned helplessnes) مواجه می شوند؛ پدیده‌ای که طی آن افراد برای موفقیت تلاش نمی‌کنند.